Die Reformation erfasste Lübeck erst spät. Zu den ersten Predigern, die sich ab 1523 öffentlich zu der neuen Bewegung bekannten, gehörte Johannes Fritze, Kaplan an St. Marien. Die Domherren entzogen ihm die Stelle, und er ging nach Hamburg. Die evangelische Bewegung der Bürger ließ sich aber nicht unterdrücken. Rat und Domkapitel mussten Ende 1529 die Entlassung des populären evangelischen Kaplans Johannes Walhoff an St. Marien rückgängig machen. 1530 setzte die Reformation sich mit der Kirchenordnung von Johannes Bugenhagen in Lübeck durch. Das führte auch zu einer wesentlich stärkeren Beteiligung der Bürgerschaft an der Regierung der Stadt.
Die Reformation veränderte das Innere der Marienkirche. Nicht alle, aber sehr viele Bilder und Figuren wurden aus ihr entfernt: die Marienfiguren im Chor und die vielen Bilder, die die Briefkapelle zierten. Das sichtbarste Zeugnis der Reformation war die neue Kanzel von 1534, die mit aufwendigen Reliefs und niederdeutschen Sprüchen besetzt war. Gottesdienst und Predigt hatten ihren Platz nur noch im Langhaus und im Chor, nicht mehr, wie bisher, in den vielen Seitenkapellen mit ihren Nebenaltären.