Die Entstehung der Marienkirche ist eng mit der Entstehung der Stadt Lübeck verbunden. Schon um 1160, kurz nach der Gründung der Stadt an ihrem heutigen Ort, gab es eine Marktkirche. Sie war zunächst die alleinige Stadtpfarrkirche. Wie sie aussah, weiß heute niemand. Vermutlich war sie aus Holz.
1160 wurde Lübeck Bischofsstadt. Mit der Weihe des ersten Doms 1163 wurde die Marienkirche den Domherren unterstellt. Schon früh erkämpfte der Rat der Stadt sich Mitspracherechte. Die Marienkirche blieb die Kirche der führenden Bürger und des Rates, auch nach Gründung der übrigen Stadtpfarrgemeinden.
Zu Beginn des 13. Jahrhunderts war die Marienkirche eine romanische Basilika. Im Jahr 1251 begann der Umbau zur gotischen Kathedrale. Zunächst war eine Hallenkirche geplant, dann jedoch realisierte man eine hochgotische Basilika mit enormen Ausmaßen. In 38,5 Metern Höhe überspannen die Gewölbe das eindrucksvolle Mittelschiff, die beiden Türme erreichen 125 Meter.
Vorbild waren die großen französischen Kathedralen, allen voran die von Reims und Soissons. Das bedeutete aber, dass die Lübecker Baumeister den gotischen Stil in gewisser Weise neu erfinden mussten. In der norddeutschen Ebene gab es keine nennenswerten Steinbrüche. Die mächtigen, hoch aufragenden Formen der Gotik mussten hier mit kleinen, aus Ton gebrannten Backsteinen verwirklicht werden.
Zu Beginn des 14. Jahrhunderts lagen Bürger und Bischof im dauernden Streit. Dass sich die Lübecker Bürger sich den Bau zutrauten, dass es ihnen schließlich gelang, aus Backstein eine Kirche zu bauen, deren Ausmaß den nahegelegenen Dom übertrumpfte: Das zeigt, wie selbstbewusst und wie reich diese Bürger im 13. und 14. Jahrhundert waren.