Der Bombenangriff auf Lübeck am Palmsonntag 1942 zerstörte auch das Geläut der Marienkirche. Die zerborstenen Glocken liegen seitdem unverändert als Mahnmal in der Gedenkkapelle unter dem Süderturm. Nach dem Krieg wurden sie durch drei Glocken aus Danziger Kirchen ersetzt, die bis 1985 um drei weitere Glocken ergänzt wurden. Seinen heutigen Klang erhielt das Geläut aber erst im Jahr 2005, als der 1985 eingebaute Stahlglockenstuhl und die Stahljoche durch eine Holzkonstruktion ersetzt wurden und die Glocken mit neuen, aus weichem Stahl geschmiedeten Klöppeln ausgestattet wurden. Unter Kennern gilt das Geläut von St. Marien als unverwechselbar und als eines der schönsten in Europa.
Der Einsatz der sieben Glocken folgt einer festen Läuteordnung. Je wichtiger der Anlass, desto mehr und tiefere Glocken erklingen.
Das Große Festgeläut mit allen sieben Glocken ist nur zu Heiligabend, Weihnachten, Silvester, Ostern, und Pfingsten zu hören, außerdem zu besonderen Anlässen wie der Einführung eines Pastors oder Propstes oder zu Kirchenjubiläen.
Das Mittlere Festgeläut mit sechs Glocken erklingt am 1. Advent, zu Epiphanias (6. Januar), am Gründonnerstag, zur Konfirmation, zu Christi Himmelfahrt, am letzten Sonntag nach Epiphanias (Sonntag vor Pfingsten), zu Trinitatis (Pfingstsonntag), zum Erntedankfest und zum Reformationsfest.
Das Kleine Festgeläut mit fünf Glocken erklingt am Sonntag nach Weihnachten, zu Silvester vor dem Nachmittagsgottesdienst und am Neujahrstag.
Der Sonntag wird am Vortag um 20 Uhr und am Sonntagmorgen um 8 Uhr eingeläutet - mit dem Geläut, das auch für den Gottesdienst am Vormittag bestimmt ist. Das gleiche gilt für die Feiertage. Zum Beginn des regulären Sonntagsgottesdienstes erklingen vier Glocken. Zum Ende des Gottesdienstes werden die Glocken in St. Marien nicht geläutet.
Die sieben Glocken von St. Marien
| Nr. | Name | Gießer | Gussjahr | Gewicht | Durchmesser | Ton | Herkunft |
| 1 | Pulsglocke | F. W. Schilling, Heidelberg | 1951 | 5817 kg | 2,10 m | ges° +8 | |
| 2 | Bet- und Sonntagsglocke | Gebr. Bachert, Kochendorf | 1985 | 4668 kg | 1,93 m | as° +10 | |
| 3 | Abendglocke, Friedensglocke | Gebr. Bachert, Kochendorf | 1985 | 2994 kg | 1,71 m | b° +9 | |
| 4 | Gratia Dei | Joh. Gottfried Anthony, Danzig | 1740 | 3000 kg | 1,65 m | c' +5 |
Danzig, St. Johann |
| 5 | Osanna | Joh. Gottfried Anthony, Danzig | 1719 | 1800 kg | 1,44 m | d' +6 | Danzig, St. Marien |
| 6 | Versöhnungsglocke | Gebr. Bachert, Kochendorf | 1985 | 1516 kg | 1,32 m | es' +10 | |
| 7 | Dominicalis | Joh. Gottfried Anthony, Danzig | 1735 | 880 kg | 1,11 m | f' +11 | Danzig, St. Johann |